编译GAMESS(US)

yx_wh

配置gamess
GAMESS（不是GAMES）的简介：
https://en.wikipedia.org/wiki/GAMESS_(US)
GAMESS的source
code是可以免费取得的，不过在distribution上有限制，所以不叫自由开源。在以下页面填入自己的邮件地址取得下载密码：
http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/
这里有一个说明：
http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/dist.source.shtml
需要安装

1. 
   
2. sudo aptitude install tcsh gfortran
   
3. sudo aptitude install libatlas-base-dev
   

复制代码

解压缩

1. 
   
2. tar -xzvf gamess-current.tar.gz
   

复制代码

遵循gamess/machines/readme.unix的指示。不过注意：有个选择gfortran版本的地方，即使是4.7的gfortran也请选择输入4.6。看./config的代码可知：

1. 
   
2.       switch ($GMS_GFORTRAN_VERNO)
   
3.          case 4.1:
   
4.          case 4.2:
   
5.          case 4.3:
   
6.          case 4.4:
   
7.          case 4.5:
   
8.             echo "   Alas, your version of gfortran does not support REAL*16,"
   
9.             echo "   so relativistic integrals cannot use quadruple precision."
   
10.             echo "   Other than this, everything will work properly."
    
11.             breaksw
    
12.          case 4.6:
    
13.             echo "   Good, the newest gfortran can compile REAL*16 data type."
    
14.             breaksw
    
15.          default:
    
16.             echo "The gfortran version number is not recognized."
    
17.             echo "It should only have one decimal place, such as 4.x"
    
18.             exit 4
    
19.             breaksw
    

复制代码

之后有个选择math library的地方，选择atlas。填入libatlas.so所在地（/usr/lib/atlas-base）。
编译DDI

1. 
   
2. cd ddi
   
3. ./compddi >& compddi.log
   
4. mv ddikick.x ..
   

复制代码

编译

1. 
   
2. cd ..
   
3. ./compall >& compall.log
   

复制代码

链接

1. 
   
2. ./lked gamess 01 >& lked.log
   

复制代码

这个时候要改一下内核shmget的数值：

1. 
   
2.     sudo vim /etc/sysctl.conf
   

复制代码

加入：

1. 
   
2.     kernel.shmmax = 3064372224
   
3.     kernel.shmall = 748137
   

复制代码

For example, on a machine with 4GB of memory, you might add these to /etc/sysctl.conf:

1. 
   
2.     # cat /etc/sysctl.conf | grep shm  
   
3.     kernel.shmmax = 3064372224
   
4.     kernel.shmall = 748137
   

复制代码

Then set the new settings like so:

1. 
   
2.     # sudo sysctl -p
   

复制代码

Since they are in /etc/sysctl.conf, they will automatically be set each time the system is booted.

rungms开头部分改为

1. 
   
2. mkdir /tmp/$USER
   
3. set TARGET=sockets
   
4. set SCR=/tmp/$USER
   
5. set USERSCR=~$USER/scr
   
6. set GMSPATH=~$USER/git/gamess
   

复制代码

另外
NCPUS
改成你计算机有的核心数目。

1. 
   
2. if (null$NCPUS == null) set NCPUS=2
   

复制代码

并在

1. 
   
2.    if ($NCPUS > 1) then
   
3.       switch (`hostname`)
   

复制代码

一段后加入你的hostname作为case选择支之一。

1. 
   
2.          case athlonX2:
   
3.             if ($NCPUS > 2) set NCPUS=2
   
4.             set NNODES=1
   
5.             set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
   
6.             breaksw
   

复制代码

然后测试。

1. 
   
2. ./runall 01 >& runall.log &
   

复制代码

之后

1. 
   
2. gvim exam*
   

复制代码

查看运行成果。
可以使用avogadro生成GAMESS的输入文件。

1. 
   
2. sudo aptitude install avogadro
   

复制代码

执行使用：

1. 
   
2. ~/git/gamess/rungms  SF6.inp  01 2 > SF6.log
   

复制代码

1. 
   
2. yx@athlonX2 ~/git/gamess % cd ~/gamess
   
3. yx@athlonX2 ~/gamess % ~/git/gamess/rungms  SF6.inp  01 2 > SF6.log         
   
4. mkdir: cannot create directory `/tmp/yx': File exists
   
5. cp SF6.inp /tmp/yx/SF6.F05
   
6. unset echo
   
7. /home/yx/git/gamess/ddikick.x /home/yx/git/gamess/gamess.01.x SF6 -ddi 1 2 athlonX2:cpus=2 -scr /tmp/yx
   

复制代码

Clandi

[幸运际遇] Clandi烧纸钱时将真钱混了进去，烧掉了星空币10

神马东西，好像很厉害的样子

saber

这什么鬼东西，完全不知道坐等高人解释

October丨十月

我只能说一句话

非专业人员用不到

200435

YX你玩的东西越来越高端了

yx_wh

回复 4# October丨十月


    确实……偶同学都是使用ChemOffice里面自带的编译好了的二进制包的～
本来只是作为个人备忘用～

akimichi

虽不明但觉厉...

镜花水月迷人眼

很不错的bbs 喜欢在这里潜水